Η Αντιμεταρρύθμιση
Καθώς η Καθολική Εκκλησία έβλεπε τη θρησκευτική και την πολιτική επιρροή της να συρρικνώνονται δραματικά, αποφάσισε να αντιδράσει δυναμικά, λαμβάνοντας τα παρακάτω μέτρα:
Τα μοναχικά τάγματα: Η αναδιοργάνωση των μοναχικών ταγμάτων και η ίδρυση νέων, όπως το Τάγμα των Ιησουιτών, το οποίο ιδρύθηκε το 1534 μΧ από τον Ιγνάτιο Λογιόλα, κρίθηκε ως το πλέον αποτελεσματικό μέτρο. Έργο των ταγμάτων αυτών ήταν να βοηθήσουν την πνευματική και ιδεολογική επιβολή του καθολικισμού με την άσκηση συνεχούς προπαγάνδας μέσω της ίδρυσης και διαχείρισης εκπαιδευτηρίων, νοσοκομείων και άλλων φιλανθρωπικών ιδρυμάτων και της έκδοσης βιβλίων.
Η Ιερά Εξέταση: Παράλληλα, επιχειρήθηκε η καταστολή των μεταρρυθμιστικών ιδεών με την αναδιοργάνωση της Ιεράς Εξέτασης, ενός μεσαιωνικού θεσμού που είχε πέσει σε αχρηστία. Οι ιεροεξεταστές, προκειμένου να κάμψουν το φρόνημα των μεταρρυθμιστών ή αιρετικών, κατά την άποψη της Καθολικής Εκκλησίας, μετέρχονταν κάθε μέσο, συμπεριλαμβανομένων παντός είδους βασανιστηρίων και της καύσης πάνω στην πυρά.
Σκηνή από καύση στην πυρά. Πίνακας του Πέντρο Μπερρονγκέτε (Pedro Berruguete, 1504). Μαδρίτη, Μουσείο Prado
Η λογοκρισία: Επειδή στη διάδοση των μεταρρυθμιστικών ιδεών η συμβολή του βιβλίου ήταν αποφασιστική, η Καθολική Εκκλησία ίδρυσε στη Ρώμη ένα Συμβούλιο Λογοκρισίας, με έργο να συντάσσει κατά διαστήματα έναν κατάλογο απαγορευμένων βιβλίων (Index Librorum Prohibitorum), όχι μόνο θεολογικών αλλά και φιλολογικών ή επιστημονικών, που κατά την άποψη της Εκκλησίας περιείχαν αιρετικές θέσεις.
Η Σύνοδος του Τρέντο (1545-1563)
Η Καθολική Εκκλησία δεν περιορίστηκε μόνο στη λήψη κατασταλτικών μέτρων εναντίον των μεταρρυθμιστών, αλλά προχώρησε και στη θεραπεία των αδυναμιών της, οι οποίες είχαν προκαλέσει τη Μεταρρύθμιση. Το έργο της ηθικοπνευματικής ανασυγκρότησης και της αποσαφήνισης του καθολικού δόγματος ανέλαβε η Σύνοδος του Τρέντο, που συγκλήθηκε το 1545.
